Auwälder, Niedermoore und Feuchtwiesen: Von der Quelle in Tschechien bis zur Mündung in die Nordsee schlängelt sich die Elbe durch viele verschiedene Landschaften und Biotope. Durch die langjährige Rolle als deutsch-deutsche Grenze wurden zwar vergleichsweise wenig Eingriffe in die Natur vorgenommen, doch auch hier gefährden Baumaßnamen, Deicherhöhungen und Trockenlegungen die wertvollen Lebensräume. Besonders die Vertiefungsmaßnahmen der Fahrrinne nach Hamburg bergen hohe Risiken für die Umwelt und sorgen immer wieder für kritische Sauerstoffwerte im Fluss.